다음의 코드를 fasta2faa.py 와 같은 파이썬 실행 파일로 저장한 다음,

------

$ fasta2faa.py NP_000610.fasta IFNgamma.faa

------

등의 명령으로 실행해 본다. 이때, fasta2faa.py는 명령어 디렉터리에, NP_000610.fasta는 현재 디렉터리에 있어야 한다.


---

#!/usr/bin/env python3


import sys, string  #line 3


i_filename= sys.argv[1]  #line 5

o_filename= sys.argv[2]

i_handle = open(i_filename, 'r')

o_handle = open(o_filename, 'w')

i_cursor = i_handle.readlines()  #line 9


for line in i_cursor:

if line[0] == ">":

o_handle.write(">" + o_filename + " " + line[1:])

else:

o_handle.write(line.strip(string.whitespace))  # line 15


o_handle.close()

i_handle.close()

---


실행 후, 생성된 IFNgamma.faa 파일을 확인한다.


다음은 주요 내용에 관한 간단한 설명이다.


line 3: sys.argv와 string.whitespace 사용을 위한 sys 및 string 모듈 호출.

lines 5, 6: 입출력 파일명 지정.

lines 7, 8: 입출력 파일 객체.

line 9: 입력 파일의 내용을 readlines() 메서드를 이용하여 변수에 적재.

line 15: 입력 내용에서 ">"를 포함하고 있는 첫 줄을 제외한 내용에서 공백 문자 제거.

lines 17, 18: 파일 객체 닫음.


위의 코드는 하나의 예시로서 참고용이다.

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연재 14 회 (_13_)에서 사용된 질의 서열 압축 파일

queries_faa.zip

queries_fna.zip




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  1. adgsgs 2015.03.16 14:22  댓글주소  수정/삭제  댓글쓰기

    같은말을 재미있게 해주셨으면 좋으셨을텐데.......

Cygwin 설치

BRIC_Q&A 2014. 10. 24. 16:19

윈도우 환경에서 GNU *NIX 쉘을 사용하기 위하여, Cygwin을 설치해 보자.

1) Cygwin 웹사이트 (http://www.cygwin.com)에 가서 설치용 실행 file (setup-x86.exe (32-bit용) 또는 setup-x86_64.exe (64-bit용))을 받아 온다.

2) SETUP file을 실행하면 아래와 같은 화면이 보인다.


자신의 컴퓨터 OS가 32-bit (혹은 64-bit)가 맞는 지 확인한 후, '다음' 단추를 누르면 아래 화면이 보인다.

3) 새로 설치하는 경우, 인터넷으로부터 설치하게 되므로 default 값으로 진행한다.


4) 다음은 설치할 디렉터리를 지정하면 되는데, 특별한 이유가 없다면 default 값으로 진행한다. 물론, 원한다면 다른 디텍터리를 지정할 수도 있다.


5) Cygwin 패키지를 다운로드하여 저장할 디렉터리를 지정한다.


6) 이번에는 인터넷 연결 방식을 묻는 창이다. Proxy를 거치는 경우가 아니라면, 현재값으로 진행한다.

 
7) 패키지를 가져올 서버를 지정한다. 서버에 따라서 시간이 상당히 오래 걸리는 경우가 있으므로 잘 생각하여 선택한다. 우리나라에서 비교적 가까운 싱가포르 국립대학교 사이트 (download.nus.edu.sg)를 선택할 수도 있다.
* 리스트에 없는 사이트를 사용하기 원한다면 'User URL' 항목에 원하는 URL을 입력하고 'Add'한 후 다음 단계를 진행해도 된다.


8) 필요한 패키지를 선택하는 단계이다. 기본적으로 많이 사용하는 항목들은 이미 선택이 되어 있으나, 다시 설치하려면 시간이 오래 걸리는 관계로 확인하고 진행하는 것이 좋다.

 
9) 아래의 그림과 같이 원하는 패키지의 명칭을 'Search' 창에 입력하고 해당 항목을 펼치면 ( 표시를 누르면) 아래와 같이 선택 여부를 확인할 수  있다.

 
10)  'Bin'과 'Src'는 실행 바이너리와 소스를 의미하는 것이며, 실제 작업에는 실행 바이너리가 필요하므로 'Bin'에 표시가 되어 있는지 확인하고 진행한다.

 
*** 추후에 사용할 수 있도록 아래의 항목들은 가급적 확인하여 설치한다. 이 과정이 귀찮고 지루할 수도 있다. 수도하는 마음으로 진행하자. (선택되어 있는 경우가 대부분. 그러나 확인하는 게 좋다.)

- bash (Bourne-again shell)
- gcc (GNU C 컴파일러)
- g++ (GNU C++ 컴파일러)
- python3 (파이썬3)
- python (파이썬2)
- R (R 통계 패키지)
- vim (vi 편집기)
- nano (nano 편집기)


11) Python3 선택 설치

 

12-1) R 통계 패키지 선택

 

12-2) R 통계 패키지 선택

 

13) X-server 선택 설치의 경우

 

14) 패키지 선택이 모두 끝나고, 경우에 따라서는 다음과 같은 화면이 나올 수도 있다. '다음' 단추를 누르면 Cygwin 설치가 시작된다.


15) 설치가 완료되면 윈도우 앱 가운데 아래의 'Cygwin Terminal'을 실행한다.

 
16) Cygwin이 실행되면 다음과 같이 CLI (command line interface)가 나타난다. 이후, 필요한 작업을 수행하면 된다.


백문이 불여일견 (百聞不如一見), 백견이 불여일타 (百見不如一打)!

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  1. kdorr 2015.03.09 14:29  댓글주소  수정/삭제  댓글쓰기

    위의 내용대로 설치했으나 명령어가 실행이 되지 않습니다.
    -bash: ps2pdf: command not found
    head와 tail 등

    • 고주온 2015.03.28 23:08  댓글주소  수정/삭제

      ps2pdf 명령은 ghostscript 패키지에 포함되어 있으므로, 프롬프트에서 다음과 같이 입력하면 설치될 것입니다.
      ---
      $ apt-cyg install ghostscript
      ---
      참고로, apt-cyg 관련 사항은 '_05_Cygwin 패키지 관리' 편에 있습니다.
      이미 해결하셨기를...